La historia comienza con Lucy.
La pobre esta apresada en una especie de estudio, donde la mantienen encerrada sometiendola a todo tipo de investigaciones. Despues de descuartizar a todo cuanto se encuentra, consigue escapar. Al final, un francotirador le dispara con munición especial y le da en la cabeza (suerte que lleva un casco puesto), la deja inconsciente y ella cae al mar. (Todo esto estando ella desnuda)
Al dia siguienta aparece en la playa, donde la encuentran Kouta y Yuka, dos personajes con los que va a relacionarse más de lo que a Lucy quizá le gustaría. Al parecer, el disparo ha incapacitado a Lucy a hablar y ha anulado todos sus instintos asesinos, ahora lo único que es capaz de decir es "nyu", asi que Kouta y Yuka la bautizan con ese nombre.

A partir de aqui empieza a desarrollarse la serie.
Se irá desvelando lo que relamente son los diclonius (pues si, hay más a parte de Lucy). Lucy irá recuperando la memoria y con ella muchos de los entuertos de la serie serán resueltos. Las vidas de los protagonistas irán entrelazándose hasta puntos insospechados y lo que en un principio parecía una guerra se convertirá en una historia de amor imposible.